L'histoire se passe en 1864, au Japon.

Le gouvernement du Shogun Tokugawa, en place depuis 200 ans, vit ses derniers instants. De nombreux clans se forment, avec des ambitions différentes, et partagent l'empire en plusieurs factions. Et dans chaque clan, se trouve des assassins. Hitokiri Battosai, l'assassin à l'épée divine, est le héro de l'histoire. Il s'appelle Himura Kenshin, et il deviendra le plus grand des assassin du pays.